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Scrubs mostra as estranhas experiências do Doutor John Dorian, ou J.D., um medico residente que trabalha em um hospital surreal cheio de pacientes e funcionários imprevisíveis, onde o humor e a tragédia podem colidir a qualquer hora. Ele narra suas experiências pessoais enquanto trabalha no Sacred Heart Hospital. Após terminar a faculdade de medicina com seu melhor amigo, Chris Turk, os dois conseguem se tornar internos neste hospital. Logo no primeiro dia, J.D. se apaixona pela sua colega de trabalho, Elliot Reid, enquanto Turk começa a namorar a enfermeira Carla Espinosa. J.D. também conhece o doutor Perry Cox, que ele considera seu mentor apesar de ser sempre desprezado e humilhado por seu sarcasmo. faz parte desta turma ainda o Diretor Médico do hospital Dr. Bob Kelso, antipático e egoísta, e o zelador, que sempre arranja confusão com qualquer coisa que J.D. faça ou diga.
John Dorian, J.D. para os amigos, é um cara relativamente bonito, legal e divertidamente atrapalhado, que seria confiante se ele se desse conta das suas qualidades. Três anos na faculdade de medicina prepararam J.D. para o seu primeiro dia como interno no <i>Hospital Sacred Heart</i>, mas ele tem as suas dúvidas. Enquanto J.D. é jogado no caótico mundo da vida hospitalar, nós não só conhecemos os “interessantes” personagens com quem ele cruza como escutamos a torrente de pensamentos inspirados que dançam dentro de sua cabeça. Ao lado de J.D. está seu melhor amigo desde a faculdade, o belo e confiante Chris Turk. Como novo interno da cirurgia, Turk mostra um comportamento pretensioso que esconde um terror que ele só admite a J.D. Ambos, no começo, ficam caídos pela mesma garota, a atraente colega Elliot Reid, mas J.D. rapidamente descobre que sua beleza só é superada pela sua natureza competitiva. Orientando a educação dos internos estão aqueles com mais experiência médica – o que, nessa altura, são praticamente todos os outros. O Dr. Robert Kelso, Médico-Chefe, quer que os internos sempre lembrem que podem contar com ele – até que eles realmente precisem de algo. Do outro lado do espectro de personalidades está o Dr. Perry Cox, algo como um rolo compressor de pavio muito curto. No entanto, por trás da sua aparência rude se esconde um cara realmente bom, que J.D. aprende a respeitar. Olhando pelos internos de um jeito implicante, mas carinhoso está a enfermeira Carla Espinoza, uma mulher sexy e maternal ao mesmo tempo.
J.D. Turk e Elliot estão há duas semanas no programa de internos do hospital e as coisas vão indo bem. Os procedimentos vão se tornando mais fáceis e a vida de ninguém foi posta em perigo, ainda. O apartamento de J.D. e Turk se tornou um paraíso, longe dos estresses e desafios do trabalho. Elliot começa a se tornar uma visitante freqüente no apartamento. Embora negue, Turk pensa que J.D. está interessado em ser mais que colega de Elliot. Enquanto isso, Turk começa a prestar a atenção em outro membro da equipe do hospital, Carla, a enfermeira. No hospital, J.D., supervisionado pelo Dr. Cox é designado para Will Forte, um paciente de 31 anos admitido com um sério caso de pneumonia e possivelmente câncer. No fim, o paciente não tinha câncer, mas J.D. tenta adverti-lo sobre os possíveis efeitos futuros dos três maços de cigarros por dia que ele fuma. O conselho não é bem sucedido. Elliot está tendo suas próprias dificuldades com Carla depois que disse ao Dr. Kelso que Carla negligenciou a aplicação de um teste em um paciente. O resto das enfermeiras apoiam Carla, até que Elliot se desculpe. Mas mesmo o pedido de desculpas a coloca em problemas, novamente. As várias tentativas de Turk de cortejar Carla falham, até que ela finalmente cede e concorda em sair em um encontro com ele, depois que ele faz um discurso apaixonado.
A cada um dos três residentes estão designados pacientes com vários problemas. Estatisticamente falando, um dos três irá morrer. O paciente de J.D. é a Sra. Tanner, de 86 anos, que está com insuficiência renal; David Morrison, de 20 anos, é o paciente de hérnia de Turk e a paciente de Elliot é a Sra. Guerrero que só fala espanhol e pode ter lupus. Depois de fazer um diagnóstico, cada médico tenta criar um elo com seu paciente. Quando ninguém estava olhando, a Sra. Tanner deixou seu quarto e foi ao parque com a família para um piquenique-festa de aniversário de cinco anos para sua neta. Um pouco de bolo depois, J.D. a traz de volta ao hospital. Turk e David se aproximam assistindo a um clássico jogo de futebol americano na televisão. Carla ensina a Elliot algumas frases em espanhol para que ela possa se comunicar com a Sra. Guerrero. Mais tarde, todos os pacientes desenvolvem complicações que levam à morte. J.D., Turk, Elliot e Carla ficam muito chocados, sendo essa a primeira experiência profissional com a morte. Mas cada um deles aprende que, apesar da morte acontecer, a vida continua.
Jared, um paciente de 13 anos de Elliot Reid, que tem leucemia, tem um pedido incomum: ele quer ver os seios de uma garota de verdade, ao vivo. Com o estímulo de J.D., mas ainda contra a sua vontade, Elliot mostra os seios, o que melhora a condição de Jared. Imaginando que a idéia possa funcionar com outros pacientes, Elliot mostra os seios para dois outros pacientes, com resultados diversos. Enquanto isso, J.D. também coloca Turk numa situação difícil quando faz um comentário grosseiro sobre a suposta vida sexual de Turk e Carla. Carla escuta o comentário e discute com Turk por não esclarecer com J.D. que os dois ainda não dormiram juntos. Para fazê-la se sentir mais segura em relação ao relacionamento, Turk dá um presente para Carla, uma caneta, e depois de mais uma ou outra reviravolta, tudo termina bem para os dois. J.D. tem seus próprios problemas, tentando ajudar os dois homens que são mais importantes para ele durante sua residência, mas que se odeiam completamente: Dr. Kelso, o cabeça do hospital, e Dr. Cox, o supervisor direto de J.D. O Dr. Kelso nega qualquer procedimento que não seja necessário ou coberto pelo seguro e o Cox tenta contornar o sistema para ajudar os pacientes que não são segurados. O Dr. Kelso convida J.D. para se juntar ao Dr. Cox e ao Dr. Steadman no seu jogo de golfe semanal. Cada médico tenta derrotar o outro e o Dr. Cox acaba surgindo como vencedor. De volta ao hospital, o Dr. Cox completa um procedimento secreto em um paciente não segurado. O Dr. Kelso descobre mais tarde e os dois duelam no corredor com suas canetas “sabres de luz”, à la Darth Vader e Obi Wan Kenobi. O Dr. Kelso vence o duelo e imediatamente suspende o Dr. Cox.
J.D. é designado para uma paciente VIP, Jordan Sullivan uma jovem linda e mimada com uma doença indeterminada, que, por acaso, faz parte do Conselho do Hospital. Imaginando que talvez ela tivesse alguma influência no Conselho, J.D. pede sua ajuda para conseguir o fim da suspensão do Dr. Cox. Quando ela tenta deixar o hospital, J.D. a repreende duramente, o que acende certa tensão sexual que leva os dois a dormirem juntos. Depois do rápido encontro no quarto dela no hospital, J.D. fica chocado ao descobrir que Jordan é a ex-mulher do Dr. Cox. Eles tiveram um casamento volátil, mas isso não a impede de eventualmente reintegrá-lo às suas funções. Quando o Dr. Cox pergunta se ele dormiu com Jordan, J.D. sabiamente diz que não. Desde que começou sua residência, Elliot tem estado um pouco confusa. Seu novo paciente é o Dr. Greenberg, um psiquiatra com a mandíbula quebrada. Apesar de ele não ser capaz de responder, Elliot o usa apenas para ouvi-la falar da solidão que ela sente. Felizes, Carla e Turk levam a relação ao próximo nível ao, finalmente, dormirem juntos. Mas quando sua mãe quebra a perna no chuveiro enquanto Carla passava a noite no apartamento de Turk, ela se sente culpada e começa a repensar sobre passar tanto tempo com Turk. Ela supera sua culpa quando ela percebe que já está na hora dela se libertar e viver sua própria vida.
Agora que J.D., Turk e Elliot estão mais familiarizados com o hospital e seus procedimentos, eles têm um novo ar de confiança e superioridade. Mas um interno rival Nick Murdoch (Sean Hayes de <i>Will & Grace</i>), também inteligente e bem quisto mostra a eles que, ser confiante é, às vezes, uma máscara para o puro medo. Por Nick ser tão amável e correto, J.D. passa maus bocados não gostando dele. Mas as coisas mudam quando Nick não consegue lidar com a pressão de lidar com um paciente muito doente e, eventualmente, sai do programa de residência. Turk tem uma crise de confiança quando ele “trava” durante uma cirurgia. O amor e o apoio de Carla e também um pouco do amor do próprio Turk, trazem ele de volta ao normal. Elliot tenta negar seus momentos de dúvida, mas decide que, algumas vezes ela só tem que chorar um pouco, em particular. Enquanto isso, o Dr. Cox tem seus próprios problemas quando ele apresenta dois pacientes, um para o outro: um acredita que é Jesus Cristo e o outro acredita que é Satã.
Durante uma rara pausa para almoço, J.D. e Turk param no clube de <i>strip-tease</i> da vizinhança. Mas uma equipe de TV e um grupo de protestantes estão bloqueando sua entrada. Justamente quando J.D. e Turk explicam que são contra o clube, o câmera tem um ataque. J.D. e Turk correm para ajudá-lo e lhe aplicam respiração boca-a-boca. Depois da rápida ressuscitação, eles voltam à realidade, agora que as avaliações dos residentes estão sendo feitas. Ao invés de escrever a avaliação ele mesmo, Dr. Cox quer que J.D. a escreva. J.D. não aceita isso bem e exige que o Dr. Cox escreva a avaliação. Mais tarde, o repórter que estava no clube procura J.D. e Turk e entrevista Turk sobre ser um médico negro no hospital. Enquanto isso, Dr. Kelso usa a notoriedade dos dois para mostrar o hospital como um símbolo de diversidade, com Turk como garoto-propaganda. Turk está, é claro, chateado pelo jeito que sua imagem está sendo usada e confronta o Dr. Kelso. Elliot está tentando estabelecer uma amizade com Carla, mas, como de costume, ela acaba falando demais.
É o feriado de ação de graças e J.D. e Turk estão relaxando no bar local, o <i>Free Clinic</i>. J.D. sente uma dor aguda no lado e volta para o hospital. Elliot faz um exame um tanto rústico em J.D., mas não consegue determinar a causa da sua dor. Ele é mais tarde diagnosticado com apendicite. Enquanto isso, outro paciente é admitido, Dr. Benson, ex-Médico Chefe e mentor do Dr. Cox. O Dr. Cox está competindo com o Dr. Kelso pela atenção do Dr. Benson e está perdendo. Mais tarde, Dr. Kelso corre até o quarto do Dr. Benson depois que ele sofre uma infecção viral cardíaca. O Dr. Cox chega tarde demais para ajudar. Preocupada com seu jeito pouco delicado de tratar os outros, Elliot questiona outro paciente, Mike para descobrir se ela é tão “dura” assim. E ela é. Com a ajuda de Carla, ela tenta adotar uma maneira mais suave e gentil de se apresentar. J.D. tem seus próprios medos para enfrentar quando ele descobre que Turk vai realizar sua cirurgia, e Turk fica magoado quando J.D. mostra suas dúvidas quanto às habilidades cirúrgicas do amigo. A cirurgia vai bem. Para celebrar o que o resto do feriado, Turk coloca J.D. numa cadeira de rodas eles voltam para o <i>Free Clinic</i>. O Dr. Cox, Elliot e Carla se juntam a eles mais tarde para comemorar.
Depois de trabalharem juntos no hospital por alguns meses, J.D., Turk, Carla e Elliot fizeram amizade e até mesmo começaram a defender uns ao outros. J.D. e Carla tentam levar sua relação além de suas profissões e realmente tentar se tornar amigos. Carla até mesmo defende J.D. depois que o Dr. Cox apronta outra para ele. Mas quando J.D. descobre, ele fica discute com Carla na frente de todo mundo e prejudica seriamente sua nova amizade. Os dois ainda vão a uma exibição fotográfica que tinham planejado, mas o ressentimento da discussão anterior é muito grande para superar. Desde que J.D. chegou ao hospital, Carla tem se sentido insegura sobre ser apenas uma enfermeira. Depois de conversar sobre o que aconteceu, eles lentamente tentam encontrar o caminho de volta para a amizade. Turk encontrou um refúgio da loucura do hospital – um banco que tem uma vista incrível do vale. Ele almoça ali todos os dias até que o Dr. Kelso aparece e declara que aquele tem sido seu recanto de almoço por 23 anos. Determinado a não ceder a Kelso, Turk acaba mantendo seu lugar. A paciente de Elliot, Jill Tracy, uma mulher de 30 anos muito ocupada e inquieta, sofrendo de stress e exaustão, não tem problema em enfrentar a rudeza e o sarcasmo do Dr. Cox. Mesmo não havendo nada fisicamente errado com ela, Elliot decide manter Jill hospitalizada pelo fim-de-semana para que ela possa Ter um pouco de descanso. O Dr. Cox, é claro, fica muito transtornado com Elliot, mas ele concorda que todo mundo precisa de uma folga de vez em quando do ritmo agitado da vida.
É véspera de Natal e os feriados produzem os mais variados sentimentos em todo mundo. J.D. está um pouco triste por ter que passar os feriados no hospital e então o Dr. Cox pede a ele para gravar o nascimento do bebê dos seus amigos, os Wheelers. Elliot está passando o feriado lidando com Meredith, uma jovem grávida. Turk está muito espiritual, até mesmo citando trechos da Bíblia, mas acaba colocando sua fé em questão com tantos doentes e feridos chegando ao hospital. Assim, ele perde toda a empolgação pelo feriado. Carla tenta animá-lo, mas tem pouco sucesso. Dr. Cox definitivamente não fica no espírito do feriado quando sua ex-mulher Jordan Sullivan volta para torturá-lo. E seu humor piora quando ele descobre que J.D. estragou a gravação do nascimento do bebê dos Wheelers. J.D. mais tarde descobre que o Dr. Cox e Jordan certa vez tiveram um filho que morreu mais tarde. J.D. deixa até o zelador bravo porque, de alguma forma, ele consegue destruir ou inutilizar toda a decoração de Natal do zelador. Depois de ficar no telhado tentando clarear as coisas na cabeça, Turk repentinamente vê uma pequena luz ao longe. São as luzes da árvore de Natal no parque. Ele corre até a árvore e encontra Meredith, a garota grávida perdida, em trabalho de parto, perto da árvore. O resto do pessoal se junta a ele logo depois que Meredith dá a luz a um menino. E em uma cena de fantasia, todo o grupo se transforma em uma cena da natividade - Meredith é Maria segurando o menino Jesus; Turk é José; homens com seus cães são pastores com suas ovelhas; Carla e Elliot são anjos e J.D. permanece no seu avental. O nascimento sem problemas do bebê e a importância do momento restaura a fé em todos.
É uma noite agitada no hospital, com os médicos fazendo malabarismos com os pacientes e o Dr. Cox distribuindo ordens aos berros. Cox está mais duro que de costume por estar tentando atravessar seu turno de 12 horas sem nenhuma morte entre seus pacientes. Enquanto isso, a assistente social do hospital, Alex Hayden, escorrega e cai, ficando inconsciente. Esperando prevenir um processo, o Dr. Kelso manda J.D. encontrá-la quando ela está fazendo o exame de ressonância, para ver se ela machucou a cabeça. Alex rapidamente se anima quando conhece J.D. Sua inteligência e aparência definitivamente a cativam, mas estando o rosto dela oculto pela máquina ele não pode vê-la (apesar de ela poder vê-lo). Durante o procedimento a máquina emperra, prendendo Alex. J.D. corre para conseguir ajuda, mas logo retorna para fazer companhia a Alex. Logo J.D. é chamado novamente pelo Dr. Cox, pela centésima vez. Mas como ele está fazendo companhia para Alex, J.D. sugere que seja dada a chance a Elliot de ajudar o Dr. Cox. Agora que recebeu uma chance de brilhar, Elliot se mostra a altura da ocasião, demonstrando uma nova calma e segurança que não estavam lá antes. Logo que Alex surge da máquina de ressonância magnética, J.D. a faz parar antes de ver seu rosto. Ele decide jogar a sorte e convidá-la para sair antes de ver como ela é. Enquanto uma relação se desenvolve, outra tem seus problemas. Turk e Carla estão tendo problemas para se comunicar. Pior ainda, a personalidade forte de Carla está levando Turk a loucura. Eles se encontram e Carla se prepara para o popular refrão, “Eu gosto muito de você, mas...”. E fica agradavelmente surpresa quando, ao invés disso, Turk declara seu amor por ela.
Continuando os acontecimentos do último episódio, Alex está para surgir da máquina de ressonância magnética e J.D. a espera com ansiedade, pois acabou de convidá-la para sair, apesar de não saber como ela é fisicamente. Acontece que ela é linda. Os dois têm um jantar romântico em um restaurante, numa noite, e estão curtindo um segundo encontro na noite seguinte quando são interrompidos por um chamado do Dr. Cox. Mais tarde na mesma semana, J.D. e Alex combinam um encontro no mesmo restaurante. Os planos deles são frustrados mais uma vez quando J.D. fica preso com um paciente enquanto Alex espera pacientemente por ele no restaurante. Ele tenta compensá-la no dia seguinte, mas por causa da sua agenda cheia e imprevisível, ela decide terminar as coisas. Ele faz mais uma tentativa de voltar com ela, mas ela a recusa. Depois de pensar sobre tudo, Alex reconsidera sua decisão. Ela surpreende J.D. com uma cesta de piquenique de jantar, que eles compartilham em um quarto vazio do hospital. Enquanto isso, Carla e Turk estão curtindo seu recém anunciado amor um pelo outro. Mas o sexo, normalmente maravilhoso, não é tão maravilhoso quando Turk fica impotente. Como J.D. está um pouco preocupado com seus próprios assuntos, Turk conversa com seu colega de residência em cirurgia Todd atrás de algum tipo de consolo. E depois de muito pedir e argumentar, Carla confia em Elliot. Um dia depois, Turk e Carla discutem sua relação e decidem que apesar de terem dito “eu te amo” um para o outro, isso não significa que tenham que planejar o casamento para o dia seguinte. De volta aos assuntos do hospital, Dr. Cox substitui Dr. Kelso nas rondas matinais. Os internos ficam surpresos em descobrir que, mesmo sendo rude como ele é, o Dr. Cox é muito mais legal com eles quando eles não lembram alguma coisa que o Dr. Kelso. Mais tarde, no mesmo dia, quando o Dr. Kelso começa a fazer algumas rondas, os internos estão com bem menos medo dele, já que o Dr. Cox os tinha encorajado. Depois de observar que o Dr. Cox tinha sido bem mais brando que ele com os internos, o Dr. Kelso reassume as rondas.
As relações entre os internos, os médicos e a enfermeira estão se desenvolvendo em combinações pouco prováveis. J.D. está caído por Alex, uma das assistentes sociais encarregadas de seu paciente viciado, o Sr. Barnes. Felizmente, para J.D., ela sente o mesmo por ele. Esta nova relação prejudica a amizade de J.D. e Elliot. Carla e Dr. Kelso fazem amizade depois que ele dá uma carona para ela até o trabalho. E a pedido de Carla, Turk e o Dr. Cox tentam se conhecer melhor. Até então suas tentativas de conhecer um ao outro resultaram nos dois correndo para o banheiro. Mas nenhum dos dois consegue urinar com o outro presente. Quando algumas pílulas somem e o paciente de Alex, o Sr. Barnes, é considerado o principal suspeito, a tensão entre Alex e Elliot cresce, com J.D. preso no meio do fogo cerrado. Elliot não gosta nem confia em Alex e tem medo que ela termine machucando J.D. no fim. As tensões entre Turk e o Dr. Cox também aumentam quando eles discordam nos rumos do tratamento de um paciente, o que termina com os dois tendo que urinar ao mesmo tempo. Carla perde o apoio das suas colegas enfermeiras depois que o Dr. Kelso mostra seu favoritismo por ela. Mas ela o recupera quando ele grita com ela na frente das outras enfermeiras. As coisas ficam ainda mais estranhas quando ambos Turk e o Dr. Cox percebem que o Dr. Cox tem uma queda por Carla. Eles concordam numa trégua. E o sonho de J.D. de finalmente dormir com Alex se realiza. Mas a noite e amizade chegam rapidamente a um fim. Procurando por uma bala de menta na bolsa de Alex, J.D. ao invés disso encontra as drogas desaparecidas do hospital. No final da semana, as coisas voltaram ao normal - Dr. Kelso voltou ao seu jeito malvado e sarcástico; Carla e Turk estão mais fortes do que nunca; e J.D. e Elliot reatam sua amizade. Na verdade, eles se beijam, levando sua relação a uma nova direção.
J.D. e Elliot decidem levar sua relação a uma direção diferente – e acabam passando um dia inteiro na cama juntos. Depois da estranheza inicial eles percebem que são perfeitamente compatíveis. Mas mais tarde, Elliot fica relutante em compartilhar a relação dos dois com os amigos deles. Por causa da sua relutância, J.D. encoraja Todd a convidá-la para sair – o que ele faz sem hesitação. Elliot, é claro, recusa na hora. Depois de outra “maratona sexual” ela e J.D. têm a “conversa sobre o relacionamento” – eles são agora, oficialmente namorados. Como a maioria dos relacionamentos, o de J.D. e Elliot tem seus próprios desafios. Contar ou não contar aos seus amigos, demonstrações públicas de afeto, defender um ao outro. Mas até então eles vão levando. Enquanto isso, no hospital, os internos, Carla e o Dr. Cox participam de uma pesquisa para um projeto de psicologia. Eles recontam suas mais antigas lembranças referentes a o que os fez buscar o caminho da medicina. Eles também discutem seus relacionamentos significativos, bem sucedidos ou não.
Desde que o curto romance de J.D. e Elliot terminou mal, eles mal podem ficar na mesma sala juntos. Mudou definitivamente a amizade deles para sempre. Para piorar as coisas, Turk está co-escrevendo um estudo médico com Elliot, então ela passa o tempo todo no apartamento. Elliot descobre mais tarde que Turk só a escolheu porque ela é uma nerd e ele sabia que ela faria a maior parte do trabalho. Eles acertam suas diferenças depois que Turk se desculpa. O Dr. Cox está passando pela sua própria crise pessoal. Por razões só conhecidas por ele mesmo, sua maneira de aliviar o stress (a cada ano) é destruir um dos laboratórios. Mais tarde, ele aparece no apartamento de J.D. às duas da manhã e o arrasta até um bar qualquer. Ao invés de falar dos estresses da vida, o Dr. Cox apenas continua bebendo. Depois da morte de um querido professor, J.D. não sabe ao certo como expressar sua tristeza. Mas com a ajuda de Elliot, ele tem uma idéia: jogar coisas do telhado. Não é nenhuma realização, mas faz você se sentir melhor.
Agora que eles sabem um pouco mais que há três meses, é dada a chance aos internos de supervisionar outros estudantes de medicina. O estudante de Elliot é Philip Chambers, que começa sendo rude e chato. Melhor ainda, ele é o filho do CEO da corporação que é dona do hospital. Josh é o estudante de J.D., de uma forma estranha, muito parecido com ele. Josh é nervoso, desajeitado, e não muito seguro de si. Turk fica com Kristin Murphy que, aos 32 anos, é um pouco mais velha que a maioria dos estudantes de medicina. Sua outra qualidade única é o fato dela ser atraída pelo Dr. Cox, ainda mais, uma vez que os sentimentos são correspondidos. Espantosamente, quando eles são formalmente apresentados, o Dr. Cox fica praticamente sem fala. Depois de inúmeros erros, Josh leva um sermão de J.D. que faz com que ele desista do programa. Depois de perceber que foi um pouco duro demais com Josh, J.D. adota um estilo “Dr. Cox” e tenta encorajá-lo através de reforço negativo. Philip e Elliot concordam numa trégua. Enquanto isso, o Dr. Cox e Kristin tentam ficar mais próximos.
O romance do Dr. Cox com a estudante de medicina Kristin continua a esquentar. Eles chegam até a andar de mãos dadas em público. Mas as coisas começam a dar errado quando a noite especial dos dois é adiada devido a um compromisso que do Dr. Cox. O tal compromisso era ajudar Carla depois do trabalho. Depois que volta para casa, Cox ouve a sedutora mensagem que Kristin deixou para ele. Mais tarde ele é surpreendido pela visita de sua ex-mulher, Jordan, no seu apartamento. Ela tinha aparecido para uma das “transas pós-divórcio” deles. Ele explica para ela que está dividido entre duas mulheres, Kristin, que está completamente disponível, e Carla, que não está nada disponível. Mas apesar do seu dilema, ele e Jordan acabam transando. As coisas vão de mal a pior quando Jordan e Kristin se conhecem no refeitório e então Carla chega para agradecê-lo pela ajuda. Kristin fica brava, pois percebe que foi por isso que ele faltou ao encontro dos dois. Então Cox fala demais quando deixa escapar que ele e Jordan estiveram juntos na noite anterior. Kristin termina o relacionamento imediatamente. Mas hábitos antigos são difíceis de largar e Cox e Jordan retomam suas atividades sexuais alguns dias depois. Elliot enquanto isso, está obcecada com uma música antiga que pode ter a voz do Dr. Kelso. J.D. está chateado pelo modo como tratou um paciente seu e de Carla, Sr. Simon. O paciente era extremamente rude e morreu alguns dias depois. J.D. pensa que seu tratamento pode ter contribuído para a morte do paciente. J.D. fica ainda mais nervoso quando ele é chamado para apresentar o caso do Sr. Simon numa conferência. Apesar de seu tratamento do paciente Ter sido considerado apropriado, J.D. reavalia o modo como trata as pessoas. Em especial, o modo como ele trata o paciente Jerry Donovan, também conhecido como J.D. número um, que tem uma deficiência mental. J.D. percebe que ele deve tratar todos com compaixão e profissionalismo, sem fazer distinção entre os que são boa gente e os que não são.
Elliot e Turk estão desanimados porque seus pais, Diane e Spencer Reid, e Martha Turk estão vindo para vê-los apresentar o trabalho conjunto dos dois em uma conferência médica. J.D. simpatiza com eles, até que seu próprio pai Sam Dorian aparece. J.D. acaba tão perturbado quanto os outros. Sam Dorian é grosseiro, indecente e quase sempre rude. Mas mais tarde, J.D. percebe que ele é apenas um cara solitário de meia idade. Os pais de Elliot são frios arrogantes, e a mãe de Turk é muito controladora. Espantosamente, quanto mais tempo os pais ficam na cidade, mais agitados os internos ficam. J.D. desesperadamente quer que seu pai mostre algum interesse por sua carreira médica e Elliot precisa mostrar ao seu pai que ela tem a capacidade de ser uma grande médica. Turk chega a hesitar em apresentar Carla para sua mãe, mas elas acabam se dando bem. Muito bem na verdade, pois Carla é exatamente como sua mãe. Na medida em que a visita dos pais vai chegando ao fim, cada um vai chegando a uma conclusão sobre seus pais. J.D. e Elliot chegam a conclusão de que seus pais não são perfeitos, mas fazem o melhor que podem. E Turk e Carla ficam à vontade com o fato de que as qualidades que ele gosta na mãe dele são precisamente o que atraíram ele em Carla. E, mais importante, você não pode escolher seus pais, mas pode escolher seus amigos.
Elliot conhece um novo paciente, Sean Kelly, por quem ela fica imediatamente atraída. Ambos são meticulosos, neuróticos e solteiros. Elliot dá vários sinais de que está interessada, mas Sean parece não notar. Num último esforço desesperado ela vai atrás dele quando ele é liberado do hospital e ordena a ele que a convide para sair. E ele convida. Enquanto isso, Turk e J.D. discutem sobre um dos pacientes de J.D., o Sr. Hoffner. J.D. quer continuar o tratamento com medicação enquanto Turk quer tratá-lo com cirurgia. A rivalidade aumenta quando J.D. e Turk acompanhados, cada um, de outros internos de suas áreas, se enfrentam num número de dança como o das gangues de "Amor, Sublime Amor". Dr. Kelso e Dr. Cox travam sua própria batalha quando o Dr. Kelso despede a moça do Café. Cox exige que ele a recontrate, uma vez que seu café é o melhor do hospital. Kelso concorda, contanto que o Dr. Cox se desculpe com ele na frente dos internos por ter gritado com ele. Quando tudo é resolvido, o Dr. Cox tem de volta seu desejado café, embora agora com um leve gosto amargo na boca.
J.D. é acidentalmente picado com uma agulha que foi usada para testar um paciente para Hepatite B. Ele fica calmo, considerando que pode ter contraído uma doença perigosa. A espera pelos resultados é longa. Durante esse período de espera ele conhece quatro médicos, Dr. Bailey, Dr. Douglas, Dr. Franklin e Dr. Lamar, que o assustam contando as piores histórias. Apesar de seus resultados apresentarem negativo, J.D. continua com medo de contrair algo. Assim, ele se esconde de pacientes infecciosos. Enquanto isso, o relacionamento de Elliot e Sean vai indo bem. Quando eles estão juntos eles não pensam em nada além de fazer sexo. Mas muito de uma coisa boa, nunca é bom. Ela, lenta e relutantemente percebe que ela não pode lidar com um relacionamento e uma carga de trabalho pesada, então ela termina com Sean. Turk começa a se sentir culpado sobre seu peso, depois que Carla faz uma piada sobre sua crescente barriga. Relutante, ele pede a ajuda do Dr. Cox para ajudá-lo a ficar em forma novamente.
O amigo do Dr. Cox e ex-cunhado Ben Sullivan está no hospital para um pequeno procedimento na sua mão. Ben é o irmão de Jordan, mas ele ficou ao lado de Cox no divórcio e eles são amigos desde então. Mais tarde, Turk e Elliot passam por alguns apertos com seus pacientes. Turk quase remove um testículo do paciente errado e Elliot comunica à sua paciente Jill, que tinha sido hospitalizada algum tempo antes por um colapso nervoso, que ela está grávida. Infelizmente, ela e seu noivo não dormiram juntos ainda. Na verdade o laboratório havia trocado as amostras de urina e ela não estava realmente grávida. O paciente de J.D., inesperadamente, vem a ser o próprio Ben. A ferida na mão de Ben começa a sangrar enquanto ele, J.D., e o Dr. Cox estão juntos num bar, jogando sinuca. Isto chama a atenção dos médicos e o Dr. Cox realiza alguns testes no hospital, no dia seguinte. J.D. pega os resultados – é leucemia.
Ben recebe a notícia do diagnóstico da sua leucemia muito bem. Mas é sua irmã Jordan quem está tendo problemas para lidar com o fato. Também tendo problemas está J.D., que, não acostumado a desenvolver amizades com pacientes, não está certo do que fazer. Espantosamente, é o Dr. Cox que se torna a voz da razão e da compaixão. Isso muda quando Bem começa suas seções de quimioterapia. Cox está com receio de ver Bem mas depois de uma conversa com J.D. have a talk, ele põe seus medos de lado e vai ver Bem. O tratamento quimioterápico vai melhor que o esperado e Ben entra em recuperação. Enquanto isso Turk e Elliot te seus próprios problemas. Turk está chateado porque não foi escolhido para auxiliar numa cirurgia difícil. É um golpe sério no seu ego quando ele percebe que não é o interno número 1 da cirurgia, mas sim Todd. Elliot é criticada durante as rondas pelo Dr. Kelso pela centésima vez. Mas desta vez ele dá a ela uma chance de criticar o trabalho dele anonimamente em uma avaliação. Ao invés de escrevê-la ela mesma, ela pede a Carla que escreva a crítica, para ter mais impacto. Carla escreve uma crítica severa ao Dr. Kelso. Mas o tiro sai pela culatra quando Elliot descobre que a ninguém mais foi pedida a tal avaliação anônima.
É junho e os internos estão a um dia de se tornarem residentes completos. Eles estão animados, mas há algo mais no ar. Carla e Turk estão discutindo sobre sair com outras pessoas. Elliot finalmente se rebela contra ser o capacho de todo mundo e J.D. está só tentando ficar fora do caminho dos outros. Para complicar um pouco, Jordan voltou para um exame. Um paciente novo, Sr. Bober, foi admitido para a remoção de sua vesícula biliar. Ele precisa realmente da cirurgia, mas não tem o seguro para pagar por ela. Eles pedem a ajuda do Dr. Cox, do Dr. Wen e de Jordan. Os dois médicos concordam, mas Jordan precisa ser convencida. Depois de um de seus “encontros conjugais” de sempre, Cox diz a Jordan que apesar de ainda ser atraído por ela, ele está fazendo terapia para não se sentir mais atraído por mulheres difíceis de lidar como ela. Apesar de disfarçar bem, Jordan fica bastante magoada pelos comentários de Cox. Quando o conselho se reúne, eles votam em permitir que o Sr. Bober faça a cirurgia. Apesar de ajudar o Sr. Bober a conseguir a cirurgia, Jordan solta uma última grande bomba no grupo, revelando os segredos de uns em relação aos outros. Ela diz a Carla que o Dr. Cox está apaixonado por ela e que Turk sabia o tempo todo; que o trabalho que o Dr. Kelso ofereceu a Cox não existe; que Elliot ainda ama J.D.; e a bomba final – que ela e J.D. dormiram juntos. Magoados, confusos e com raiva, cada um segue seu caminho separado.
